Ничего не произойдет, если прервать импорт просто не сформируется файл с номенклатурой и импорт нужно будет начать заново (система просто не даст им скачать не до загруженный файл во избежание ошибок), так что можете не беспокоиться.
После того как они его уже полноценно выгрузят, им нужно изменить на обновленные данные и загрузить файл обратно, если они прервут и экспорт то система просто не изменит данные которые у них уже были, так же во избежание ошибок, то есть и импорт и экспорт нужно загрузить и выгрузить до конца, иначе система определит ошибку и не даст ее совершить.

