Как найти причину ошибки 504 на сервере?

Уже как несколько дней, сервер работает некорректно. Часто выдает на всех ресурсах ошибку 504. Смотрел за работой сервера по ssh вижу такую картину как всплески нагрузки на процессор со стороны mysql.

какой сайт это делает я вычислил. Сервер выделенный. Сайты все свои, посторонних с доступом к серверу нет.
Но, раньше все работало нормально и не было таких проблем. На атаку не похоже. Остальные показатели в норме. В коде на сайте правок не было. как вообще в таком случае действовать? Как анализировать mysql вообще не понимаю, разные утилиты есть, но они толком же не показывают какой запрос именно создает такую нагрузку. Нужен реальный совет как попытаться это вычислить. Сервер связка nginx+apache. Просьба не хамить, не флудить. Если есть чем подсобить, буду рад. А для остального, думаю, другие ветки найдутся. 

Прикрепляю скриншот

mysql slow log

В дополнение к совету включить и проанализировать slow query log (который и ответит на вопрос "«какой запрос именно создает такую нагрузку ), советую посмотреть на конфигурацию mysql.
Если я правильно вижу, у вас бежит несколько процессов mysql — пришлите пож-ста вывод „ps -ef | grep mysql“ чтобы точно проверить. Я бы использовал один процесс и дал ему больше памяти — это помогает mysql работать эффективнее.

Скорее всего криво настроенный MySQL. После какого то количества больших запросов база данных сьедает всю память. Покажите конфиг my.cnf