Я понимаю вашу точку зрения как руководителя и клиента. К сожалению, в этом вопросе никуда не деться. Те, кто работает с вебом, — это веб-разработчики, а те, кто работает с 1С, — 1С-разработчики. Даже если вы заказываете проект у одной компании, вероятность того, что они будут перекладывать ответственность друг на друга, всё равно остаётся. Тем более, проект можно сдать рабочим, а потом произойдёт какое-то обновление, и он перестанет быть таковым.
Единственное, что можно сделать, как и в любых других аспектах бизнеса, — это выбирать подрядчиков и специалистов, способных решать все эти вопросы, исправлять их при необходимости и качественно выполнять свою работу. Как и во всех остальных видах деятельности организации, всё всегда зависит от людей и их порядочности.